在中央有關文件精神的指引下，我國糧食主產區糧食增產、農民增收形勢喜人，但是同時也存在一些問題。一是糧食持續增產難度大。首先，我國糧食補貼政策存在標準低、不平衡、補貼方式不完善、最低收購價范圍狹窄等問題，影響了農民種糧積極性的發揮；其次，由于農田水利基礎設施年久失修，帶病運行，以及土壤質量下降等原因使糧食生產能力受到嚴重影響；最后，農技推廣體系“網破、線斷、人散”的現狀又使依靠科技提高產量受到制約。二是糧農致富難。種糧比較效益低是眾所周知的事實，糧食與棉花和蔬菜的效益比分別為1：5和1：4，即使國家實行了糧食補貼政策，糧食效益與經濟作物相比仍然比較低；另一方面是種糧成本不斷升高，主要表現在農資漲價。全國化肥主要品種同比漲幅已接近20%，農民形象地說：“糧食漲價在走路，農資漲價在跑步。”此外，由于我國人多地少和小規模經營，農民勞動生產率遠低于世界發達國家，只有美國的百分之一。因此，農民依靠種糧致富困難重重。三是財政增收難。由于經濟結構單一，稅源少，糧食大縣往往是工業弱縣、財政窮縣。如河南豫東區11縣人均財政收入不僅低于全省平均水平，甚至低于44個扶貧開發重點縣平均水平。免征農業稅后使這些糧食大縣的財政狀況更為窘迫。四是經濟增長難。糧食主產區二、三產業相對滯后，經濟水平相對較低。調查顯示，1997～2002年，13個糧食主產區有9個省區人均國內生產總值低于全國平均水平。安徽、江西兩省比全國低40%。
針對以上問題，九三學社中央指出，糧食作為基礎商品和戰略物資，關系國家經濟穩定與安全。糧食主產區承擔著國家糧食安全的重任，支持了糧食銷區特別是沿海地區經濟的騰飛，而自身與發達地區的差距卻日益拉大。采取強有力措施促進糧食主產區經濟發展、農民增收，不僅關乎國家糧食安全，而且關乎社會公平與和諧，關乎實現全面建設小康社會的宏偉目標。為此，九三學社中央提出以下建議：
第一，完善糧食補貼政策。將小麥、玉米等主要糧食品種納入最低收購價品種；增加化肥、柴油等農資補貼項目，將對農資生產、流通環節的補貼直補農民；增加糧食直補資金，完善補貼機制；在不斷完善的基礎上適時出臺《糧食補貼條例》等法規，使糧食補貼政策制度化，讓糧農吃上“定心丸”。第二，加強糧食主產區農田水利基本建設。以農田水利基本建設為突破口加強農業基礎設施建設，提高農業綜合生產能力，改善農村生產條件。針對“兩工”取消后農村基礎設施建設遇到的困難，設立小型農田基礎設施建設專項補助資金，引導農民投資、投工、投勞；從長遠看，要按照“誰投資、誰受益、誰所有”的原則推進農田基礎設施產權制度改革，逐步形成農田基礎設施建設良性發展的長效機制。實施農業可持續發展戰略，大力發展“噴灌”、“滴灌”等節水灌溉措施和以測土配方施肥、增施有機肥綠肥等為內容的“沃土工程”。第三，建立對糧食主產區的補償機制。糧食安全說到底是銷區的安全，但保障的責任和資金卻要由產區承擔，這顯失公平。為此，應逐步降低糧食主產區糧食風險資金的額度，改為主要由中央和銷區政府承擔；建立糧食主產區與銷區間的利益協調機制，可考慮從糧食銷區根據其糧食調入量收取一定補償金，支持主產區糧食生產；中央的各項支農資金應向糧食主產區傾斜，向能夠促進糧食增產和糧農增收的項目傾斜。第四，建立農業投入穩定增長機制。調整國民收入分配格局和財政支出結構，使之向農業、農村特別是糧食主產區傾斜；按照農業法的要求落實對農業和農村的預算支出，使預算內每年用于農業支出增長幅度高于財政經常性收入的增長幅度，每年財政支農支出的增長水平高于上年財政支農支出的增長水平，健全財政支農資金穩定增長機制；積極開辟新的支農資金渠道，運用稅收、貼息、補助等多種經濟杠桿，鼓勵和引導各種社會資金投向農村，特別是優先投向糧食主產區。第五，提高農民抵御自然風險與市場風險的能力。建立糧食自然災害補貼制度，探索建立農業保險，最大限度地減少糧農因自然災害造成的損失；充分發揮農產品期貨市場價格信號導向作用和價格波動風險分散轉移作用，通過期貨引導產銷、發展訂單農業、調整產業結構、促進農民增收，實現小生產與大市場的對接；鼓勵產區銷區糧食企業以資金為紐帶建立跨區域大型股份制糧食企業，通過互建基地、聯辦市場、訂單農業等形式，構建新型穩定的產銷合作機制；發展農民專業合作組織和糧食產業化經營，提高糧食生產的組織化、規模化程度。
第六，在糧食主產區優先實行“工業反哺農業、城市支持農村”的方針。根據糧食主產區的特點和優勢，引導和支持其穩步推進工業化、城市化進程。特別要大力扶持糧食主產區發展農副產品加工業，延長農業產業鏈，提高產品附加值。目前發達國家農業總產值與農產品加工業總產值比為1：4，而我國只有1：0.7，發展空間十分廣闊；實施勞動力轉移工程，支持糧食主產區大力發展農民職業教育和農村勞動力轉移培訓，提高糧區富余勞動力轉移速度和糧農的勞動生產率，加強輸出地與輸入地政府間的聯系與協作，建立統一、開放的勞動力市場體系和勞務信息網絡，使糧區適時按照輸入地要求培訓和輸出農村勞動力，積極推廣“定單培訓”等農村勞動力轉移的有效形式。
第七，大力支持糧食主產區農村科技、教育及各項社會事業的發展。將糧區的農技推廣體系精簡整編納入國家財政保障范圍，糧食的農技推廣項目由國家提供資金支持；在糧食主產區大力發展農民職業教育，提高農村勞動者素質；優先在糧食主產區實施“新農村建設工程”，對其道路交通、生活環境、義務教育、醫藥衛生等社會事業給予更大政策優惠和資金支持，為糧食主產區農村構建和諧社會創造良好的物質條件。
