1946年1月6日 為促進政治協商會議的召開，褚輔成、許德珩、稅西恒、張西曼等人邀請重慶學術界人士舉行“九三座談會”。會議一致認為：政治協商會議必須完全公開，只許成功，不許失敗。會議決定成立“九三學社籌備會”，推褚輔成、許德珩、張西曼等籌組九三學社。九三學社籌備會在籌備建立九三學社的同時，為促進“政治協商會議”的召開做了積極的努力。
1946年1月10日—31日 政協會議在重慶召開。參加者有國民黨代表8人，共產黨代表7人，民主同盟代表9人，青年黨代表5人，無黨派人士9人，共38人。這次政治協商會議經過激烈的斗爭，終于通過了和平建國綱領、關于軍事問題的協議、關于國民大會的協議、關于憲草問題的協議、關于改組政府的協議等五項協議。
1946年1月18日 九三學社籌備會召開會議，發表《對政治協商會議之意見》，表達對政協會議的聲援，并提出建議，主張：開放中央和地方政權，大量裁兵，廢除保甲，確保言論、集會、結社等自由，以及經濟民主化等，并主張制定具體方案，貢獻政治協商會議，等等。23日，該意見發表于重慶《新華日報》
1946年2月14日九三學社籌備會負責人對“較場口流血慘案”向新聞記者發表談話，強烈譴責國民黨特務的殘暴罪行。
1946年2月24日中國民主憲政促進會在重慶正式成立，選舉張西曼、許德珩等25人為理事，張西曼任理事長，許德珩、潘菽、孟憲章、吳藻溪、張雪巖、王卓然、孫蓀荃、謝立惠、雷啟漢等人參與該會。中國民主憲政促進會成員與九三學社有較大的重合。
1946年4月8日九三學社再次集會，形成九三學社籌備會《對東北問題的意見》，主張“東北政權應由人民用民主方式自行決定”。10日，該意見發表于重慶《新華日報》。
1946年4月13日—19日九三學社籌備會張西曼、王卓然、張雪巖、許德珩、雷啟漢、吳藻溪等人先后向中共致函悼念王若飛、秦邦憲、葉挺、鄧發等乘機遇難烈士。褚輔成撰挽聯悼念“四八”烈士。
同日，《新華日報》發表關于《中國民主憲政促進會呼吁停止東北內戰》的報導，提出三項主張：（一）東北內戰必須停止，政府應給予東北小組以工作上之便利，協商解決一切問題，東北之民眾武裝應予承認，偽軍不應庇護，政府應立即停運軍隊去東北。（二）任何國家不應替一方面運輸軍隊，接濟軍火，而使內戰擴大。（三）政協決議，停戰命令，整軍方案必須在全國各地徹底實現。
1946年5月4日九三學社籌備會經過4個多月的積極工作，在重慶青年大廈召開了九三學社成立大會。到會的有：褚輔成、許德珩、梁希、稅西恒、黃國璋、張雪巖、詹熊來、潘菽、黎錦熙、李士豪、劉及辰、彭飭三、涂長望、盧于道、張迦陵、吳藻溪、王卓然等50余人。會議公推褚輔成、許德珩、稅西恒為主席團。在成立大會上，褚輔成致開幕詞，許德珩報告籌備經過，稅西恒報告社費收支賬目。大會發言之后，通過了《社章緣起》、《成立宣言》、《基本主張》、《對時局主張》及致美國國會電文。會議支持和平建國的基本方針，要求政治民主化和軍隊國家化，“無條件實行停戰協定、政協決議，為促進中國和平民主的唯一有效途徑，任何黨派不得有任何違反停戰協定、政協決議的行為”。會議選舉潘菽、張雪巖、褚輔成、許德珩、稅西恒、吳藻溪、黃國璋、彭飭三、王卓然、孟憲章、張西曼、涂長望、李士豪、笪移今、張迦陵、嚴希純16人為理事；盧于道、詹熊來、劉及辰、何魯、侯外廬、黎錦熙、梁希、陳劍鞘8人為監事。
1946年5月12日九三學社理監事第一次聯席會議召開。會議討論了社務和時局，決議設總社于京、滬區，設分社于重慶、武漢、成都、昆明、香港、廣州、北平、天津及倫敦等地；推舉褚輔成、許德珩、稅西恒、張雪巖、潘菽、黃國璋、吳藻溪為常務理事；梁希、盧于道、詹熊來為常務監事。
1946年5月24日褚輔成、王卓然接受重慶《新華日報》記者專訪，主張立即停止內戰，并嚴厲指責“警管區制”與人民基本自由抵觸。
1946年5月26日重慶各界人士時事座談會發起“呼吁和平、反對內戰”簽名運動，九三學社吳藻溪、王卓然等人簽名。
1946年6月12日九三學社上海分社成立。公推褚輔成任主任理事；推禇輔成、許德珩、孟憲章、笪移今、陳乃昌、孫蓀荃、徐甫等7人任理事。
1946年6月23日上海10萬人民反內戰示威，公推馬敘倫等11人為和平代表赴南京請愿，在南京下關車站遭國民黨特務毆打。26日，九三學社發表致南京受傷人士馬敘倫等慰問電，祝“早日康健，繼續為和平民主運動努力奮斗，本社同人誓作后盾”。
1946年6月26日國民黨軍隊向中原解放區大舉進攻，內戰正式爆發。九三學社發表對時局意見，反對內戰，反對國民黨當局允許外國在華駐軍權、內河航行權、公海捕魚權、放棄關稅自主權、國共談判外國公斷權等。
1946年7月3日國民黨政府國防最高委員會第一九七次會議單方面作出決定，宣布“于本年11月12日召開國民大會”。
1946年7月8日吳藻溪在《新華日報》上就國民黨單方面宣布召開“國大”發表意見，指出“這次國民黨有勢力的人單獨宣布國大召開日期，其目的有二：“一是為轉移目前蓬蓬勃勃的人民反內戰的民主運動的目標；其二是國民黨當局不承認中共、民盟及無黨無派人士的意見，所以妄想搞出一個一黨專政的國民大會的所謂‘民意’機關來，好作為推翻政協決議、進行內戰的好工具！”
1946年7月20日延安《人民日報》刊發通訊，對九三學社6月26日發表對時局意見進行報道。文末對九三學社做了介紹：“九三學社系文教、經濟界名流褚輔成、許德珩、王卓然等所組織，成立于今年五四節”。
1946年7月28日九三學社領導人參加重慶人民追悼李公樸、聞一多大會，許德珩任主席團成員并參加陪祭，褚輔成撰挽聯悼念。
1946年9月3日九三學社發表《為國際民主勝利周年紀念宣言》，主張立即全面停戰，實行政協決議，解散特務機關，嚴懲戰犯、漢奸。
1946年9月16日重慶各界追悼陶行知，九三學社為發起單位之一并參加籌備工作。22日，“陪都各界陶行知先生追悼大會”在重慶臨江路滄白堂舉行，許德珩參與陪祭，參加追悼會的各界人士達二千余人。
1946年10月11日 國民黨軍隊占領張家口，當天下午蔣介石宣布如期于11月12日召開“國民大會”。
1946年10月24日 褚輔成、王卓然、張西曼、許德珩等以九三學社的名義對時局發表意見并刊登在《新華日報》上。意見要點是：“要求蔣主席立即回京，下令停止內戰，負責主持和平談判。馬歇爾特使應根據羅斯福總統的對華政策，采取公開而中立的態度，幫助中國人民制止內戰，實現民主。”要求國民黨政府“恢復和平談判，下令永遠停止內戰，以求真正的和平民主之實現”。“馬歇爾特使應采取公正的、中立的態度，幫助中國人民制止內戰，實現民主，否則無繼續留華之必要”。
1946年10月27日九三學社重慶分社成立。推舉稅西恒、何魯、吳藻溪、左昂、謝立惠、詹熊來等15人為理事或監事，并通過議案，希望美國人民有效制止美國政府在華推行帝國主義政策的錯誤行為。
1946年11月5日九三學社重慶分社領導人接受重慶《新華日報》專訪，發表談話，反對召開非法國大，指出“如以國家人民為重，還是遵循各黨派簽訂的政協決議為重”。
1946年11月10日九三學社重慶分社參加渝人民團體集會，呼吁全民制止“國大”。同日，禇輔成、孟憲章與譚平山、李濟深等人聯名致書國民黨當局，要求“國大”開會日期暫行延緩。
1946年11月13日許德珩、周炳琳等教授發表時局觀感，反對召開一黨“國大”。許德珩稱：“此次國大斷然召開，政局前途不堪想象，是以深感個人責任之大，故若非各方協商一致參加，我個人不擬赴京。月來此間各方人士均為政局焦灼萬分，咸以國大之如何召開，為國計民生禍福安危之關鍵。我等力主各方應于此時作嚴正之表示，以對國事前途判明責任。”
同日，褚輔成在上海接受《大公報》記者專訪，發表談話，認為“依照政協規定，國大召開之期由政協商定，故應由各黨派商定一國大召開之日期”。希望國共和平談判成功，共謀國事。
1946年12月29日 九三學社、民主建國會等11個在滬的民主黨派、人民團體聯合發表聲明，對國民黨單方面召開國民代表大會并公布所謂“憲法草案”表示堅決的反對，認為“這一憲法的產生基礎及其基本精神，徹頭徹尾是反民主的，反政協的”，因而不能承認；要求立即停止內戰，恢復和平，重新召開政協會議，建立聯合政府，在實行普選的基礎上召開和平團結的國民大會，制定真正民主的憲法。
1946年12月30日許德珩、袁翰青聯合北京大學48位教授就北大女生沈崇被美軍污辱事件，致美駐華大使司徒雷登抗議書，抗議美軍暴行。
